군선교연합회는 ‘군’복음화를 통하여 ‘민족’복음화의 결실을 맺고 나아가 ’인류’복음화에 기여하는 ‘비전 2020 실천운동’을 구체적으로 실천하는 한국기독교 군선교 전문대표기관으로서, 군인교회, 일반 군선교 회원교회와 함께 군인교회당 건축, 국군장병전도 및 진중세례·침례, 군인신자 결연 및 양육, 각종 교육 전도프로그램 등을 한국교회와 뜻 깊은 후원과 기도 속에 소중한 군선교사역을 실천하고 있는 문화관광부 등록 공익 사단법인이다.
군선교사역은 △신앙전력화(필승의 강군육성) △민족복음화(기독교신자 국가건설) △기독인재양성(바른 신앙을 가진 지도자 육성) △국가경영개혁(건강한 국가건설) △국가경영개혁(밝은 사회건설) 등 5대 비전을 갖고 있다.
또한 △대상-국가공인 엘리트로서 신체·지적인 면의 우수자원 △기능-연간 35만명이 입대와 전역하는 순환조직사회 △동원-즉시 집결 가능 △심리-새로운 환경적응으로 인한 위축, 긴장된 상태로서 본능적으로 전능자 하나님을 찾음 △안보-장병들의 사생관 확립으로 필승의 군대 육성 △교회선교-장병 선교의 황금어장으로 연간 20만명 전도세례 결실 △파급-2020년 전 국민의 75%(3,700만명) 기독교 신자화 △경제-저비용 고효율 △시간-우주적 종말까지 △연합-교단 교파 초월 사역 등 10대 특징을 갖고 있다.
한국군의 최초 군종활동은 1948년 9월 해군창설과 함께 시작됐다. 육군은 6.25 동란 중 참전한 유엔군의 군종제도의 성과 및 무명의 카투사 병사의 호소문 등에 힘입어 이승만 대통령의 지시에 의해 1951년 2월 7일 공식적인 군종제도가 창설됐다. 공군은 1952년 2월 군종업무가 시작됐다.
군종목사들은 전쟁에서 불타는 소명감으로 국군장병들의 신앙지도 및 인격지도 교육, 기독교 교육, 군종장교 후보생 교육, 야전예배 및 예배군 군종담당관 운영, 교계안보 활동, 보호사병 선도, 상담·방문, 위로회, 예방활동, 전우애 선양활동 등 제반업무를 성실히 수행함으로써 군복음화는 물론 장병들의 사기를 고양시켜 전투에서 승리하는데 큰 역할을 담당했다.
또한 동티모르 상록수 부대, 이라크 서희·제마·자이툰 부대 등 해외파병 한국군 장병들의 신앙지도와 확고한 정신무장을 위해 파견되어 장병은 물론 현지 주민 선교 및 봉사활동을 전개해 나가고 있다.